Tate Yuuchi está exultante: ele foi para uma nova escola. Mas descobre que a escola que ele escolheu está sob os ataques frequentes de estranhas criaturas chamadas "Orphans", e a escola montou uma força especial de garotas chamadas "HiME"s, utilizando poderes obtidos de vários elementos, para combater esses invasores. E cada membro da força HiME tem sua própria "chave", outra pessoa que, depois de descoberta, pode se juntar à HiME para criar uma "criança", uma unidade de combate necessária para combater os Orphans. E com a sorte do nosso amigo Tate, ele descobre que não é só a "chave" de uma destas HiMEs, mas de duas... Duas colegiais rivais e altamente competititvas. E isso é só o início da confusão...

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